Diplômé en médecine de l'Université de Nice en France et en santé communautaire de l'Université de Montréal, Pierre Fournier est professeur au département de médecine sociale et préventive de l’institution montréalaise depuis 1989. Il y a dirigé ce département en plus d’avoir été responsable de l'axe de santé mondiale au Centre de recherche du CHUM. Il est également chercheur associé à l'Institut de recherche en santé publique et a occupé le poste de doyen de l’École de santé publique de 2013 à 2017, dont il a aussi assuré l’intérim de 2019 à 2020. 

L’expertise reconnue de Pierre Fournier l’a amené à œuvrer à de multiples reprises à l’étranger en tant que consultant pour le compte d’institutions comme la Banque mondiale. Ses activités de recherche, dont certaines de très grande envergure, ont été développées dans le cadre de projets de coopération ou d’initiatives particulières, qu’elles soient canadiennes ou internationales. Leur réalisation a permis d’internationaliser les programmes d’enseignement et de recherche et ont eu des retombées importantes pour l’Université de Montréal. Cela a notamment conduit à la création de l'Unité de santé internationale dont Pierre Fournier a assuré la direction de 1989 à 1996. 

Il est l’auteur de multiples articles scientifiques et chapitres de livres, et l’excellence de ses travaux a été soulignée à de nombreuses reprises.