Depuis son entrée en fonction à l’UdeM en 1995, Anne Bruneau a mené une carrière exemplaire dans son domaine, la systématique végétale. Cette discipline, basée sur l’expertise taxonomique et dont relèvent la reconnaissance, la définition et la classification des espèces en fonction de leurs liens de parenté, est le fondement de toutes les sciences biologiques.

Les travaux d’Anne Bruneau se sont concentrés sur les légumineuses, une famille vaste et complexe de plantes à fleurs revêtant une importance considérable sur les plans écologique et économique. Avec un réseau de collaborateurs aux États-Unis, en Europe, en Amérique du Sud et ailleurs dans le monde, elle a revu les relations évolutives et la classification des légumineuses, et encouragé la collaboration internationale afin de faciliter le partage de données. On lui doit la création du Portail des données sur les légumineuses legumedata.org et de la plateforme canadensys.net, qui rend accessible l’information sur la biodiversité et les collections de sciences naturelles au Canada.

En 2010, Anne Bruneau a été nommée à la tête de l’Institut de recherche en biologie végétale (IRBV), devenant la première femme à en assurer la direction depuis la création de l’Institut de botanique en 1921. Elle s’est aussi distinguée par son engagement dans l’enseignement en créant les cours Systématique moléculaire et Méthodes d’analyse phylogénétique qui n’avaient jamais été enseignés à l’UdeM, sans oublier sa contribution à l’introduction des sciences naturelles dans le Programme facultaire en muséologie. Elle a encouragé à poursuivre des études en sciences bon nombre d’étudiantes qui sont aujourd’hui professeures, chercheuses et enseignantes au cégep.

En 2018, le gouvernement du Québec lui décernait le prix Armand-Frappier pour son leadership dans la création du Centre sur la biodiversité de l’UdeM, situé sur le site du Jardin botanique de Montréal, et de la plateforme Canadensys.